Le condizioni al contorno dell’area dell’Arsenale, progettata dall’architetto Smiriglio nel Seicento, sono oggi ben diverse: sono state modificate la linea di costa, l’area quadrata dell’impianto, occupata oggi dai Cantieri navali, e gli edifici storici che affiancavano l’Arsenale non esistono più. L’intervento proposto si relaziona in forma evidente alle regole dell’antico edificio esistente, continuando in modo preciso l’organizzazione spaziale del vecchio arsenale. Cinque possenti setti murari, intesi come elementi bidimensionali, prolungano le campate voltate a botte del vecchio edificio, definendo al contempo grandi spazi espositivi a doppia altezza e ad altezza normale. Superato l’ingresso si accede al museo vero e proprio attraverso la prima sala: un grande spazio a doppia altezza i cui protagonisti sono da un lato il muro superstite dell’antica officina e dall’altro una lunga scala posta a ridosso del setto murario, che consente il passaggio agli spazi ad altezza normale. L’edificio termina con tre corpi destinati a servizi, leggibili sia planimetricamente che altimetricamente attraverso un rigoroso ma semplice gioco di sovrapposizioni volumetriche.